倒置荧光显微镜是近代发展起来的新式荧光显微镜，就其光路来分有两种：一是透射式荧光显微镜，激发光源是通过聚光镜穿过标本材料来激发荧光的。二是落射式荧光显微镜，这是近代发展起来的新式荧光显微镜，特点是激发光从物镜向下落射到标本表面，即用同一物镜作为照明聚光器和收集荧光的物镜。

    倒置荧光显微镜由荧光附件与倒置显微镜有机结合构成的，主要用于细胞等活体组织的荧光、相差观察。 倒置显微镜（Inverted microscope）是为了适应生物学、医学等领域中的组织培养、细胞离体培养、浮游生物、环境保护、食品检验等显微观察。由于这些活体被检物体均放置在培养皿（或培养瓶）中，这样就要求倒置显微镜的物镜和聚光镜的工作距离很长，能直接对培养皿中的被检物体进行显微观察和研究。因此，物镜、聚光镜和光源的位置都颠倒过来，故称为"倒置显微镜"。倒置显微镜多用于无色透明的活体观察，在倒置显微镜的基础上添加一套荧光附件：激光激发块，荧光光源，荧光照明器，激发块切换装置，即可进行倒置荧光观察。
    进口四大品牌显微镜都有相应的倒置荧光显微镜，如奥林巴斯的IX71倒置荧光显微镜，CKX41倒置荧光显微镜，尼康Ti系列倒置荧光显微镜。国产品牌显微镜厂家近年随着相差技术与荧光成像技术的不断提升，也推出多款倒置荧光显微镜，MSHOT MF51就是一款，其荧光亮度高，且成像清晰，接近国外同类中档显微镜的水准

    高信噪比(S/N)，能够捕获极弱荧光
    的光学品质——对现代生命科学研究至关重要
    荧光观察的理想情况是采用量的激发光照射捕获高对比度的图像，由此将细胞受损及荧光衰减的机会降至最小。奥林巴斯公司对UIS2系统的物镜进行精密的设计，使用微弱的激发光即可捕获明亮的荧光图像。光透过率进步的同时也提高了UIS2光学系统的信噪比。
    干涉镀膜荧光激发块的性能改进
    荧光激发块的干涉膜采用了新型镀膜技术，激发带宽(BP)以及荧光带宽(BA)比传统谱线缩短了6nm，使信噪比更进一步得到提高。奥林巴斯的荧光激发块采用硬镀膜技术，大大延长了激发块的使用寿命，提高了在潮湿环境中的使用性能。
    荧光蛋白专用高质量荧光激发块
    BX2系列HQ型荧光激发块最适宜的波长是ECFP/EFP/EYFP/DsRed。高锐化镀膜以及高透过率(90%-95%)可有效地透过荧光蛋白所发射的荧光。这样，即使采用微弱的激发光仍可观察到明亮的图像，同时，防止荧光衰减，并将细胞受损的可能减至最小。
    减少杂散光的功能
    当在分光镜对激发光进行反射时，杂散光的微量透射就可造成噪声上升。奥林巴斯公司的荧光激发块经由其独特的光吸收涂层可吸收99%以上的杂散光，减少信号干扰，获得高质量图像。
    荧光成像用高数值孔径物镜
    BX2系列具有新研制的PLAPON60XO物镜的特点，提供了当今普通观察方法用物镜的数值孔径(N. A.：1.42)，用于荧光成像，同时具有先进的通用特性。除了其突出的荧光信噪比之外，也可进行紫外激发，这在以前的普通显微镜是不能做到的。UPLSAPO100×O物镜在340nm处(紫外)仍然维持着高透过率。