一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（通常12种温度梯度）的称之为梯度PCR仪。因为被扩增的不同的DNA片段其适合的退火温度不同，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR扩增就可以筛选出表达量高的适合退火温度进行有效的扩增。主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样既节约时间，也节约经费。在不设置梯度的情况下亦可当做普通的PCR用。

    梯度PCR仪多应用于科研、教学机构。

    目前主要有国内用户比较多的进口主要有伯乐，艾本德，TECHEN等，09前还有一个MJ，不过现在已经被伯乐收购了,国产梯度PCR仪较专业的生产企业有：西安天隆、北京六一等几家专业的PCR生产企业。

    PCR仪适用于分子生物学、医学、食品工业、司法科学、生物技术、环境科学、微生物学、临床诊断、流行病学、遗传学、基因芯片、基因检测、基因克隆、基因表达等领域以聚合酶链式反应（Picymerase Chain Reaction , PCR）为特征的、以检测DNA/RNA为目的的各种病原体检测及基因分析。

    梯度PCR仪DTC-3T型除具有上述标准PCR仪功能外，其梯度模块还能同时进行多达12个不同退火温度的PCR反应，在梯度模块上，可实现对梯度温度和梯度宽度等参数的调整，自由编程12道温度，梯度实现不同样品的退火温度并同时进行热循环。仅一次实验就能确定特定体系相应的优退火温度。从而可在短时间内对PCR实验进行优化，大大提高PCR科研效率。