全自动菌落计数仪因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等，已逐渐被越来越多的科研院所、卫生疾控部分所喜爱。如何选型，才能获得性能卓越的菌落计数仪，并取得高性价比呢。这得从该类仪器的原理来解释。现今面市的所有全自动菌落计数仪均是采用成像分析法实现自动计数的，即由【成像硬件+分析软件】所组成，这二块内容的任何一块上出现失分，都会严重影响计数分析结果的稳定性。
成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。主流的成像硬件有拍照成像。由CMOS加摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能展现培养基表层和深层的细微菌落。确保在0.5秒内获得菌落图像。
软件功能解析
分析软件是全自动菌落计数仪的另一块核心成分。因为菌落生物的存在多样性，在培养基上的表现或显像不可能大体一致，针对这类变化，在分析软件选型上要考虑，现在市场上一些产品的软件功能主要有一下几个方面：
| 图像处理 | 图像调节(灰度图、负相图转换、对比度、RGB分割...)、图像增强... |
| 图像编辑 | 文字嵌入,图形嵌入 |
| 统计功能 | 菌落智能识别技术（很重要）、区域选择统计、直径分类统计、鼠标单击计数、颜色识别统计、人工计数修正、排除污染区域计数、自动换算功能、自动杂质剔除、粘连菌落分割、菌落形态学分析、多通道分割... |
| 测量功能 | 自动分析菌落直径,面积等测量长度,角度,面积等 |
| 数据管理 | 数据自动存储,查询,Excel导出报表打印,数据库权限设置 |
| 功能 | 抑菌圈测量,纸片法药敏分析,多,培养皿,统计,螺旋平皿统计 |
现在科研、质检部门对于菌落仪的要求也越来越高，上述软件功能应该能够满足现在客户的需要，但是对与一些特殊实验应用面来说，在功能上还有待加强。除软件功能，另外一点也不得不提，那就是操作。现在越来越讲究人机结合的舒适性，讲究产品功能的强大和操作的简单化成反比。对用用户来说才算是真正解放。
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