离子阱一个重要的能力是做MS/MS或MSn。当在离子阱上作MS/MS时，有几种方法可以激发离子，让其碎裂。最有效的和被最广泛地使用的是共振激发（resonanceexcitation）。在用于MS/MS时，使用加在端盖电极上的ac电压（注：ac电压分两种，一个高幅的ac电压会导致共振逐出，一个低幅的ac电压会引起共振激发）。共振激发的ac电压一般幅度很小（1V左右），持续时间大概为几十个毫秒。ac的频率需和离子的运动频率匹配；而离子的运动频率和主要的trapping场的幅度和离子的m/z有关。
　　当离子的振动频率与ac频率相同时发生共振，离子从ac电压上吸收能量，振幅加大，在一个理想的四极场中，如持续施加共振电压，离子的振幅将随时间线性增大。离子的动能随振幅平方的增大而增大，因此离子会和中性气体碰撞，使化学键断裂，获得MS/MS。设置比较好的参数，才能获得充分的、信息量丰富的MS/MS。
　　最重要的一个参数就是Q，Q值正比于RF电压的幅度，反比于m/z。从经典的稳定图上看到，Q大于0.908时，离子会在不稳定的轨道上，不能被捕获，即Q?0.908，离子才能被捕获。当RF一定时，小于某一个m/z的离子就不会被捕获。这个m/z的值被叫作低质量cut-off（LMCO）。

　　离子阱有全扫描和选择离子扫描功能，同时利用离子储存技术，可以选择任一质量离子进行碰撞解离，实现二级或多级MSn分析功能。但离子阱的全扫描和选择离子扫描的灵敏度是相似的。
　　广泛应用于蛋白质组学和药物代谢分析。现在已经出现了很多离子阱质谱与其它分析仪器联用的技术，如气相色谱-离子阱质谱联用仪（GC-ITMS）、ftr-ITMS联用技术。
　　离子阱分析器它是由环行电极和上、下两个端盖电极构成的三维四极场。将离子储存在阱里，然后改变电场按不同质荷比将离子推出阱外进行检测。