直接测量
　　(DirectMeasurement)
　　射频质谱仪可作为直接测量仪器使用。
　　通过搭配不同的离子源，射频质谱仪则作为一般的分析化学工具使用。尤其在长期测量中，射频质谱仪产生的数据量要显着小于其他并行测量质谱（飞行时间质谱等）。
　　多级质谱
　　(TendemMassSpectrometry,MS-MS)
　　由于射频质谱仪的解析能力(ResolvingPower)偏低，因此在确定未知物质时的能力有所欠缺。通过多级质谱，离子在两组四级杆系统中间通过独立的腔体进行裂解操作。由此对
　　特定质量的离子所产生的碎片进行分析，可得到该离子的结构信息。
　　裂解方法有注入气体与离子发生碰撞的撞击裂解法(CollisionInducedDissociation,CID)，也有直接通过电子枪射出电子裂解的方法(ElectronDissociation)。
　　多级质谱在生物化学以及有机化学中起到了至关重要的作用。
　　色谱-质谱联用
　　(Chromatography-MassSpectrometry)
　　色谱质谱联用中最典型的应用为气相色谱质谱法(GasChromatography-MassSpectrometry,GC-MS)以及液相色谱质谱法(LiquidChromatography-MassSpectrometry)。
　　其优势在于通过色谱质谱的联用，解决了质谱中如果离子之间质量过于相似而无法分辨的情况。在色谱法中，滞留时间(RetensionTime)给出了混合物中不同种类物质的结构信息，预分离操作提高了质谱设备的可信度。此方法类似于离子迁移率质谱法(IonMobilitySpectrometry-MS,IMS-MS)。
　　应用此方法的难度在于如何耦合色谱设备与质谱设备。其中最常用的方法为电喷雾电离(ElectrosprayIonization,ESI)。