分配柱色谱法的分离原理是利用被分离的各个组分在互不相容的固定相和流动相中溶解度不同，在试样组分随流动相移动通过色谱柱的过程中，组分在两相中不断建立、打破和重新建立分配平衡。平衡时组分在固定相（s）和流动相（m）中的浓度之比成为分配系数。因为不同组分的分配系数不相同，他们在柱中经过多次的分配平衡后，产生了差速迁移，从何彼此分离。组分间分配系数K相差越大，越易分离。

　　1、固定相分配色谱法的固定相是将固定液涂渍在有一定粒度的载体上构成。载体（又称担体）仅起负载一定量固定液的作用，它必须是惰性材料；不溶于固定液和流动相，也不与他们起任何化学反应，有较大的表面积，机械强度好。常用的载体如吸水硅胶、纤维素、多孔硅藻土和微孔聚乙烯小球等。分配色谱法要求固定液是样品的良好溶剂，不溶或难溶于流动相。常用的固定液种类很多，如水、稀硫酸、甲醇、甲酰胺以及一些大分子的有机溶剂，如甲基硅油、聚乙二醇、角鲨烷等。
　　2、流动相分配色谱法的流动相种类较多，水、不同pH的溶液、缓冲溶液和不同极性的溶剂均可用作流动相。对流动相的要求是：
　　1）与固定液不互溶，极性相差较大；
　　2）对样品组分的溶解度足够大，又相对小于固定液对组分的溶解度。