关于四级杆质谱仪的最早文献时间为1950年中期。发明人沃尔夫冈 保罗 教授(Professor Wolfgang Paul)在1989年获得诺贝尔物理学奖。

　　质谱仪的真空系统通常分为两级。
　　初级真空系统为二级真空系统提供基本真空支持。二级真空系统通常直接与质谱仪腔体相连，使质谱仪达到真空状态。值得注意的是，四级杆质谱仪的真空并非高真空(0.001Pa)。离子在极杆中运动，大量的能量由电场中获得。为形成稳定的离子云，四级杆质谱中需要存在极为微量的气体用来吸收过量的动能。四级杆质谱仪的真空通常为飞行时间质谱(1e-5Pa)的百分之一，为轨道离子阱质谱(1e-14Pa)的百亿分之一。
　　初级真空
　　初级真空通常采用机械泵(RoughingPump)或卷泵(ScrollPump)。真空程度大约为1mTorr(0.13Pa)。
　　机械泵相对卷泵价格低廉，然而需要润滑油才能操作。在进行对气体敏感的分析时，尤其是大气科学领域，通常选择使用卷泵而不是机械泵。
　　二级真空
　　二级真空通常采用涡轮分子泵(TurbomolecularPump)或分散泵(DiffusionPump)。
　　涡轮分子泵
　　涡轮分子泵
　　分子泵体积小，效率相对分散泵要高。通常的分子泵都可以支持350L/min的气流速度，较为高端的分子泵可以实现1e-14Pa的超高真空。
　　分散泵体积庞大，可达到1-2米。在现代仪器中，基本已经被涡轮分子泵取代。
　　对于四级杆质谱仪所需的真空条件，通常涡轮分子泵在30分钟内即可达到。分散泵则需要20-80小时。

　　因为四级杆系统对于高频电压的需求，在四级杆质谱的核心供电系统中通常不使用磁芯，而使用空气芯变压器以便保证电路对于高频射频的响应。早期的起震元器件采用电容-电感-三极管的自激振荡方式(美国乔治亚州的THS公司生产的质谱依然采用此系统)，随电子技术的发展，震荡源多采用电压控制振荡器(VoltagedControlledOscillator,VCO)或采用直接数字合成(DirectDigitalSynthesis,DDS)方式。

　　直接测量
　　(Direct Measurement)
　　四级杆质谱仪可作为直接测量仪器使用。
　　通过搭配不同的离子源，四级杆质谱仪则作为一般的分析化学工具使用。尤其在长期测量中，四级杆质谱仪产生的数据量要显着小于其他并行测量质谱（飞行时间质谱等）。
　　多级质谱
　　(Tendem Mass Spectrometry, MS-MS)
　　由于四级杆质谱仪的解析能力(Resolving Power)偏低，因此在确定未知物质时的能力有所欠缺。通过多级质谱，离子在两组四级杆系统中间通过独立的腔体进行裂解操作。由此对特定质量的离子所产生的碎片进行分析，可得到该离子的结构信息。
　　裂解方法有注入气体与离子发生碰撞的撞击裂解法(Collision Induced Dissociation, CID)，也有直接通过电子枪射出电子裂解的方法(Electron Dissociation)。
　　多级质谱在生物化学以及有机化学中起到了至关重要的作用。
　　色谱-质谱联用
　　(Chromatography-Mass Spectrometry)
　　色谱质谱联用中最典型的应用为气相色谱质谱法(Gas Chromatography-Mass Spectrometry, GC-MS)以及液相色谱质谱法(Liquid Chromatography-Mass Spectrometry)。
　　其优势在于通过色谱质谱的联用，解决了质谱中如果离子之间质量过于相似而无法分辨的情况。在色谱法中，滞留时间(Retension Time)给出了混合物中不同种类物质的结构信息，预分离操作提高了质谱设备的可信度。此方法类似于离子迁移率质谱法(Ion Mobility Spectrometry-MS, IMS-MS)。
　　应用此方法的难度在于如何耦合色谱设备与质谱设备。其中最常用的方法为电喷雾电离(Electrospray Ionization, ESI)。