傅里叶变换质谱法是基于离子在均匀磁场中的回旋运动，例子的回旋频率、半径、速率和能量是离子质量和离子电荷及磁场强度的函数。通过一个空间均匀的射频场（激发电场）的作用，当离子的回旋频率与激发射频场频率相同（共振）时，离子将同相位加速至一较大的半径回旋，从而产生可被接受的象电流信号。傅里叶变换法所采用的射频范围覆盖了欲测定的质量范围，所有离子同时被激发，所检测的信号经福利叶变换处理，转变为质谱图。

　　最早的ICR MS可追溯到E.O.Lawrence's回旋。1950年，Sommer.Thomas和Hipple研制了台有实用价值的回旋质谱仪。而真正使离子回旋共振质谱仪发展史翻开崭新一页的事1974年Marshall和Comisarow把FT方法用于处理ICR数据。随后，傅里叶变换离子回旋共振质谱仪的仪器设计和应用都得到了迅速的发展，傅里叶变换质谱仪是一种高分辨率的质谱仪，测定的准确度高，数据采集速度快，可以与多种离子化方式连接，可进行多级质谱MS的检测，在化合物相对分子质量测定、结构信息获取及反应机理的研究等方面发挥着重要作用。近年来与基质辅助激光解吸离子化MALDI及电喷雾离子化ESI联用，成为生物大分子研究中一个不可多得的工具。